La chiesa di Sant’Isidoro alle Terme era una chiesa di Roma, nel rione Castro Pretorio, nell’odierna via Parigi. La chiesa fu prima sconsacrata e poi demolita per il recupero delle precedenti strutture delle Terme di Diocleziano. Della chiesa resta solo la facciata.

Fu fatta costruire da Benedetto XIV nel 1754 e realizzata dall'architetto Giuseppe Pannini, utilizzando alcuni ambienti a fianco dell’attuale “Sala ottagona” delle Terme di Diocleziano; questi ambienti, e altri ora distrutti, nel corso dei secoli erano stati utilizzati dai Papi come deposito dell’annona pontificia, ossia magazzini per la conservazione delle granaglie dello Stato Pontificio.