La torre risale sicuramente all'epoca medioevale, almeno per quanto riguarda la parte superiore. Fu edificata nei pressi di un complesso di edifici del periodo romano, strettamente collegati all'attività portuale, e alcuni mattoni timbrati fanno ritenere che sia stata costruita sul basamento di un faro risalente all'epoca traianea (98-117 d.C.). E' verosimile che il nome "Boacciana" derivi da quello della famiglia romana dei Bobazani, ed in particolare da tale Cencius, il quale agli inizi del XII secolo era un nobile e ricco signore che aveva molteplici possedimenti nel nostro territorio, tra i quali anche un castello, di cui rimarrebbe appunto solo tale torre. Sicuramente la struttura aveva funzioni di avvistamento e di controllo e con grande probabilità potrebbe essere la stessa avvistata da Riccardo Cuor di Leone nel 1190, quando sbarcò sul litorale ostiense durante il viaggio verso la terza crociata.
Tor Boacciana fu utilizzata nel corso dei secoli come faro, torre di guardia sul fiume, luogo di dazio, ricovero per viandanti, ed in epoca recente dai pastori del luogo come stalla e abitazione privata. Nel 1420, per ordine del pontefice Martino V, venne completamente restaurata ed in seguito all'alluvione del 1557, che comportò l'allontanamento del corso del fiume dalla rocca di Giulio II, fu per una decina d'anni sede della dogana pontificia e luogo di pagamento delle gabelle. Questo fino al 1568, data in cui l'esplicazione di tali funzioni fu trasferita presso la neo-edificata Tor San Michele, ubicata più a valle, seguendo lo spostamento della linea di costa. Proprio di fronte a Tor Boacciana si può ammirare l'omonimo isolotto alluvionale, elemento caratteristico delle modificazioni morfologiche del Tevere alla sua foce.